การตรวจหาเชื้อ COVID-19 เป็นเรื่องที่หลายประเทศดำเนินการได้ค่อนข้างดี แต่การตรวจหาสายพันธุ์ หรือการกลายพันธุ์ของเชื้อจากการรายงานของ GISAID พบว่า ประเทศที่รายงานการตรวจหาสายพันธุ์ที่ดีที่สุด คือ ออสเตรเลีย ซึ่งตรวจได้มากกว่า 58% รวมถึงนิวซีแลนด์ที่ตรวจได้ถึงกว่า 48 % ตามมาด้วยไต้หวัน เดนมาร์ก ไอซ์แลนด์ แกมเบีย เวียดนาม สหราชอาณาจักร ประเทศไทย และญี่ปุ่น แต่ประเทศสหรัฐอเมริกากลายเป็นอันดับที่ 43 โดยมีการตรวจหาการกลายพันธุ์เพียง 0.3%

การตรวจหาการกลายพันธุ์ ทำให้ทราบว่าเชื้อที่วิตกกังวลกันหนักช่วงปลายปี 2563 ที่ผ่านมา คือ N501Y ของอังกฤษ อยู่ใน clade GR ซึ่งมีการกลายพันธุ์ที่ส่วนยื่นของโปรตีนหลายแห่ง (deletion 69-70, deletion 145, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982 A, D1118H) ซึ่งเป็นส่วนสำคัญในการใช้เกาะกับเซลล์ร่างกาย

และการกลายพันธุ์ที่พบในอัฟริกาใต้ ที่รายงานเมื่อ 21 ธันวาคม ซึ่งพบถึง 301 genomes เรียก 501 V2 มี 182 ที่อยู่ใน clade GH, 71 จาก clade GR, 45 จาก clade G และพบมีเพียงสามส่วนที่เกาะกับเซลล์ภายนอก (K417N, E484K, N501Y) สรุปคือการกลายพันธุ์ของไวรัส ทำให้ไวรัสระบาดได้ง่ายขึ้นกว่าไวรัสรูปแบบเดิม ๆ ที่ระบาดอยู่ และสายพันธุ์ที่อังกฤษพบตั้งแต่เดือนกันยายน 2563 นี้ระบาดได้ง่ายกว่าเดิม 70% และพบการกลายพันธุ์บนผิวโปรตีนที่ไวรัสใช้ยึดเกาะกับเซลล์มนุษย์ ส่งผลให้วัคซีน และแอนติบอดีที่คาดว่าจะทำงานพุ่งเป้าไปที่ผนังโปรตีนเหล่านี้ทำงานได้ผลน้อยลง